John Scott Cowan est diplômé de l’Upper Canada College et de l’Université de Toronto : il a obtenu un baccalauréat en sciences (Mathématiques et physique) en 1965, une maîtrise en sciences en 1967 et un doctorat en physiologie en 1969. Après deux ans d’études postdoctorales à l’Université Laval, il est entré au département de physiologie de la Faculté de médecine à l’Université d’Ottawa (1971) et est plus tard devenu président de ce département (de 1979 à 1986). Il a été président de la Fédération canadienne des sociétés de biologie (1980) et de la Société canadienne de physiologie (1982). Il a siégé pendant cinq ans au Comité des subventions des programmes du Conseil en recherches médicales du Canada. De 1971 à 1989, il a bénéficié de subventions de recherche et de contrats d’une valeur supérieure à deux millions de dollars.
Après 1975, M. Cowan s’est aussi beaucoup intéressé aux relations de travail et il a rempli le rôle d’arbitre dans certains cas. En 1986, il est entré à l’administration centrale de l’Université d’Ottawa et a occupé le poste de vice-recteur – Ressources et planification de 1987 à 1992. En tant que conseiller du recteur (de 1992 à 1995), il a aussi été le premier conseiller supérieur en relations de travail auprès de l’Association des universités et des collèges du Canada (AUCC). Il a directement conseillé 25 universités, négocié un certain nombre de conventions collectives avec des corps professoraux dans tout le Canada, dirigé une enquête dans l’affaire Fabrikant à Concordia (1994) et rédigé le plan de mise en œuvre de la restructuration des facultés de l’éducation de la Nouvelle‑Écosse (plan adopté en 1995). En 1998, il a été médiateur dans un différend qui opposait l’Université du Zimbabwe et le gouvernement, lequel avait fermé l’Université pendant cinq mois. Il a donné le cours sur les relations de travail dans le cadre du cours des administrateurs universitaires supérieurs (SUAC) à Banff, de 1990 à 1994, et il a donné des cours de courte durée destinés aux chefs et aux présidents de département. En 1992-1993, il a été président de l’Association canadienne du personnel administratif universitaire (ACPAU).
Entre 1995 et 1999, M. Cowan a été vice-recteur (Opérations et finances) à l’Université Queen’s. En 1995, il a siégé au conseil d’arbitrage qui a sanctionné la première convention collective des professeurs du Collège militaire royal du Canada (CMR). Il est encore actif dans le domaine des relations de travail et il a maintenant négocié plus de 30 conventions collectives universitaires. Jusqu’en 2007, il a enseigné les relations de travail dans le cadre du programme de la maîtrise en administration des affaires au CMR. En 1997-1998, il a fait partie des sept personnes qui constituaient l’entité présidée par le général Ramsey Withers et chargée de formuler des recommandations sur la réforme et l’orientation future du CMR.
En dépit de son impressionnant parcours de chercheur en physiologie, John Cowan n’en a pas moins consacré un long pan de sa carrière à réfléchir aux questions de défense, en commençant par rédiger une monographie sur la politique de défense en 1963. Ses écrits des dernières années ont porté davantage sur les problèmes liés à la défense et à la sécurité (y compris les menaces asymétriques et le terrorisme), sur les caractéristiques de la profession des armes et sur les études liées à la défense.
M. Cowan a été recteur du Collège militaire royal du Canada de 1999 à 2008. De 2002 à 2008, il a ajouté à ses responsabilités celles de conseiller universitaire principal auprès de l’Académie canadienne de la Défense. (L’Académie n’est pas une école, mais plutôt un quartier général de formation qui contrôle tous les établissements d’enseignement, les centres d’instruction militaire générique, les écoles de langues et toutes les politiques connexes dans les Forces armées canadiennes). De plus, il a dirigé l’étude sur la menace asymétrique menée en 2002 par le Conseil consultatif sur les sciences appliquées à la défense (CCSAD) et il a plus tard participé à plus d’une dizaine d’autres études, ou les a dirigées.
M. Cowan a été nommé au CCSAD en 2001. Depuis, cet organisme a changé de nom pour devenir le Conseil consultatif de la défense (CCD). M. Cowan en a été le président de 2010 à 2013, après en avoir été vice-président pendant trois ans, et il continue d’y siéger à titre de président sortant et de membre du Comité exécutif. De 2008 à 2012, il a aussi été président de l’Institut de la Conférence des associations de la défense (ICAD) – un groupe de réflexion canadien sur la défense et la sécurité – tout en continuant de siéger au Conseil consultatif. Il a été président de la Fondation du PWOR jusqu’au début de 2017 et a fait partie du conseil d’administration de la Fondation du CMR jusqu’à la fin de 2015.
M. Cowan a reçu les Médailles du jubilé d’or (2002) et du jubilé de diamant de la Reine (2012). En 2008, il s’est vu remettre le Médaillon des Forces armées canadiennes pour service distingué. Au CMR, il est actuellement recteur émérite et, en mai 2009, le Collège lui a décerné un doctorat honorifique en sciences militaires (honoris causa) pour ses contributions à la profession des armes. Il a été colonel honoraire du Princess of Wales’ Own Regiment (PWOR) de 2013 à janvier 2017, après en avoir été lieutenant-colonel honoraire.
M. Cowan s’adonne à la navigation de plaisance et à l’écriture. Il a piloté des aéronefs de 64 types différents, depuis les planeurs jusqu’au CF18. Il est un peu dur d’oreille après avoir passé quelques milliers d’heures à bord d’avions Harvard. Il est marié à Marie‑Anne Erki, Ph. D., qui est professeur émérite de génie civil au CMR.