L'instruction militaire d'un élève‑officier débutera avant la première année universitaire par le module un du cours de qualification militaire de base des officiers (QMBO) à l’École de leadership et de recrues des Forces canadiennes (ELRFC) de Saint-Jean-sur-Richelieu. Au cours de l'été suivant la première année universitaire, les élèves‑officiers retourneront à l'ELRFC, à Saint‑Jean, pour completer QMBO. Cette instruction rigoureuse offrira les connaissances de base nécessaires à une carrière d'officier efficace. Au cours des étés subséquents, l'instruction comportera des cours de langue officielle seconde et de l'instruction militaire spécialisée additionnelle liée au groupe professionnel attribué.
L'aspect militaire de la vie d'un élève‑officier au Collège vise à offrir une formation pratique en matière de leadership. Par conséquent, l'instruction militaire donnée au cours de l'année universitaire comporte une gamme étendue d'activités tels l'exercice et les cérémonies militaires, l'entraînement dans le champ de tir, et la préparation, tant pratique que théorique, aux intenses périodes d'instruction d'été qui se déroulent dans les bases partout au Canada. Tous les élèves‑officiers sont nommés à un poste de leadership au cours de la portion de leur carrière militaire qui a lieu au CMR. Les élèves‑officiers de troisième et de quatrième année occuperont des postes de leadership au sein de l'Escadre des élèves‑officiers qui leur apporteront une précieuse expérience du leadership et de l'administration. Leur travail permet à l'Escadre des élèves‑officiers de fonctionner sans heurts et d'offrir un environnement sécuritaire pour préparer les élèves‑officiers à leur futur poste en tant qu'officier subalterne. Les élèves‑officiers de première et de deuxième année développent leurs compétences en matière de travail d'équipe et d'esprit de subordination, compétences que chaque chef doit maîtriser avant de pouvoir assumer des responsabilités de commandement.